Uno dei tre Governatori dei territori dell’Euregio ricopre la carica di Presidente del GECT. La carica viene alternata tra i territori membri ogni due anni, come espressione di uguaglianza. Il Presidente è il legale rappresentante del GECT e svolge i compiti seguenti:
convoca e presiede la Giunta, stabilendone l’ordine del giorno;
presenta all’Assemblea il bilancio economico preventivo annuale e pluriennale e rende conto dell’attività della Giunta;
propone alla Giunta il programma di lavoro annuale.
Per lo svolgimento delle attività, la Giunta e il Presidente si avvalgono di un segretariato generale. Ogni membro mette a disposizione un rappresentante che fa quindi parte del segretariato generale dell’Euregio.