Einer der drei Landeshauptleute der Euregio-Gebiete hat das Amt des EVTZ-Präsidenten inne. Das Amt wird alle zwei Jahre im Sinne der Gleichberechtigung zwischen den Mitgliedsländern gewechselt. Der Präsident ist der gesetzliche Vertreter des EVTZ und nimmt folgende Aufgaben wahr:
Er beruft den Vorstand ein, führt den Vorsitz und legt dessen Tagesordnung fest
legt der Versammlung den jährlichen und mehrjährigen Haushaltsvoranschlag vor und berichtet über die Tätigkeiten des Vorstandes
schlägt dem Vorstand das jährliche Arbeitsprogramm vor
Vorstand und Präsident bedienen sich bei der Ausübung ihrer Tätigkeiten eines Generalsekretariats. Jedes Mitgliedsland stellt einen Vertreter, der somit Teil des Generalsekretariats der Euregio ist.