Die Aktivitäten des EVTZ werden vom Generalsekretariat koordiniert, das von Vertreter:innen der beiden anderen Mitglieder unterstützt wird. Die Entscheidungen des Generalsekretariats werden nach Absprache mit den anderen Mitgliedern des Generalsekretariats getroffen.
Der Beamte oder die Beamtin des Mitgliedslandes, das den Vorsitz innehat, nimmt die Aufgaben des Generalsekretärs oder der Generalsekretärin wahr. Das Amt des Generalsekretärs wechselt in der Folge alle zwei Jahre unter den Mitgliedern der Euregio, gleichzeitig mit dem Vorsitz.
Der Generalsekretär bzw. die Generalsekretärin nimmt u.a. folgende Aufgaben wahr:
bereitet die Sitzungen des Vorstandes und der Versammlung vor
unterstützt den Präsidenten bei der Ausübung seines Amtes
sorgt für die Durchführung der Beschlüsse des Vorstands, wobei er sich auch der Mitarbeit der Verwaltungsstrukturen der Mitglieder bedient
Zur Erfüllung seiner Aufgaben kann der Generalsekretär oder die Generalsekretärin Entscheide verabschieden.